Monsun und Regen
Wenn die relative Position der Sonne sich von Mitte März bis Mitte September über der nördlichen Halbkugel befindet, ziehen relativ trockene Winde aus dem Südosten, vom "trockenen" Kontinent Australien über die indonesischen Inseln, und dann herrscht die vom Ost-Monsun geprägte Trockenzeit auf den meisten Inseln. Die Trockenzeit dauert in der Regel von Mai bis September, einer anderen Lesart zufolge von April bis Oktober.
Auf der anderen Seite, wenn die relative Position der Sonne sich von Mitte September bis Mitte März über der südlichen Hemisphäre befindet, ziehen feuchte Winde aus dem Nordosten, vom "feuchten" Kontinent Asien über die indonesischen Inseln, und dann herrscht die vom West-Monsun charakterisierte Regenzeit auf den meisten Inseln. Diese Regenzeit dauert in der Regel von Dezember bis März, zweite Version: Oktober bis April.
Allerdings richtet sich das Wetter nicht immer starr an diese Regeln, da ein großer Teil der indonesischen Inselwelt von Wasser bedeckt ist, und somit regionale Niederschläge jederzeit möglich sind. Sonnenschein gibt es zwar viel, aber Regenfälle - begleitet auch von leichten bis schweren Stürmen, kann es auch in der Trockenzeit geben. Regen fällt auch fast das ganze Jahr auf jenen Inseln, die der Äquator durchläuft. Dies führte zu dem natürlichen, dichten tropischen Regenwald auf den Inseln Sumatera, Kalimantan, Sulawesi, sowie in Irian Jaya.
Luftfeuchtigkeit und Temperatur
Aufgrund seiner Lage innerhalb der feuchten Äquatorialzone, hat Indonesien eine hohe relative Luftfeuchtigkeit von mindestens 60-70%. Ein unglaublicher Minimalwert von 20% wurde angeblich in Jakarta 1972 gemessen. Je nach Ort und Jahreszeit kann die Luftfeuchtigkeit jedoch bis zu 80% und 90% betragen.
Die jährliche mittlere Lufttemperatur liegt in Indonesien um die 30°C, in den höheren Bergregionen etwas tiefer, nämlich zwischen 21°C und 28°C. Das Minimum der Lufttemperatur liegt demnach bei 21°C. Je nach Region kann es (subjektiv) empfindlich kalt werden.
Wind und Stürme
Die durchschnittliche Windgeschwindigkeit ist in der Regel nicht viel höher als 25-30 Stundenkilometer. So richtig stürmen kann es jedoch ganz plötzlich überall in Indonesien, besonders in den Monaten Januar und Februar.
An der Nord- und Ostküste Balis wurden in den letzten Jahren vermehrt Mini-Zyklone beobachtet, die massive Küstenbefestigungen einfach weggeblasen, bzw. vielen Fischern das Leben gekostet haben.